包头医学院创建于1958年，是新中国在少数民族地区较早建立的一所普通高等医学本科院校。学校自1980年开始招收硕士研究生，1985年获得硕士学位授权资格单位。2008年接受教育部本科教学工作水平评估结果为优秀。

包头医学院的学科以医学为主，涵盖医学、管理学、文学、法学、理学等门类。设有研究生学院、临床学院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术学院、口腔学院、麻醉学院、药学院、中医学系、人文社会科学学院、马克思主义学院、继续教育学院、体育部(运动与康复学系)、外语系、计算机科学与技术系、职业技术学院等17个院系部，设有两所直属附属医院。现开设19个本科专业，有40多个硕士学位授权点。消化内科学、肾脏内科学为内蒙古自治区领先学科；生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、急诊急救医学、心血管病内科学、风湿病与自体免疫学、神经外科学等6个学科为自治区重点学科。预防医学专业为国家级特色专业建设点、第一批国家级本科专业综合改革试点及自治区级重点建设专业；农村订单定向免费医学教育人才培养模式改革试点为国家第一批卓越医生教育培训计划项目。肾内科为国家临床重点建设专科。现有自治区级品牌专业6个，自治区级实验教学示范中心4个，自治区优质精品课程2门、精品课程25门。

学校通过实施“高层次人才引进工程”和“教师培养培训工程”，努力造就一支师德高尚、业务精湛、结构合理、充满活力的高素质专业化教师队伍。现有专任教师711名，其中博士学历60人，硕士学历436人；有博士研究生导师3名，硕士研究生导师245名。有17人享受国务院特殊津贴，自治区“321”人才工程人员17名，8名自治区高等学校教学名师，6名自治区高等学校教坛新秀。8个自治区级教学团队。

学校不断提升科研水平。现有自治区级重点实验室4个。建有内蒙古包头医学院沙棘属药用植物资源保护与开发利用院士专家工作站、包头市包头医学院沙棘属蒙药资源保护与开发利用院士专家工作站、包头医学院第一附属医院转化医学与个体化医学院士专家工作站、包头医学院第一附属医院介入治疗院士专家工作站、“低氧预适应转化医学”北京市重点实验室包头医学院分室。内蒙古自治区基因诊断研究所、应用解剖研究所、消化病研究所、高血压病研究所和内蒙古全科医学培训中心、内蒙古学校卫生人员培养基地等研究培训机构设在我校。