近年来，学校承担各级各类科研项目1500余项。其中，国家自然科学基金项目153项，国家社科基金项目2项。学校参与研究的科研成果荣获国家科技进步二等奖1项，自治区科学技术奖76项（一等奖2项、中青年科技创新奖1项、二等奖31项、三等奖42项）；自治区哲学社会科学优秀成果政府奖11项（二等奖2项、三等奖9项）。获得国家专利授权30项。其中，发明专利18项、实用新型专利10项、外观设计专利2项。学校主办的《内蒙古医科大学学报》被教育部科技司评为“中国高校特色科技期刊”，被中国科学技术信息研究所确定为“中国科技论文统计源期刊”；出版的《疾病监测与控制》是中华预防医学会系列杂志。

学校一贯坚持开放办学的方针，重视与国内外高校的交流与合作。与北京大学、北京中医药大学、中国军事医学科学院、首都医科大学、天津中医药大学等高等院校建立了长期的合作关系；与日本、美国、英国、澳大利亚、俄罗斯、蒙古、白俄罗斯、匈牙利等国家和地区的多所医药院校或科研单位开展了多层次、多领域的学术交流与合作。

内蒙古医科大学作为一所地方高等医药院校，肩负着为民族地区培养应用型医药卫生高级专门人才，开展医药科学研究，服务经济社会发展的崇高使命。多年来，“内医人”始终秉承“博学、尚行、精诚、至善”的校训，不断弘扬德才并举、群英荟萃的治校理念，众志成城，艰苦奋斗，顽强拼搏，开拓创新，努力开创内蒙古医科大学美好的明天！