中国最好大学排名从指标评价内容的重要性和指标本身的适切性角度出发精选了9项指标构建指标体系。其中人才培养方面2项，即反映生源质量和人才培养声誉的“新生高考成绩”、反映培养结果的“毕业生就业率”;科学研究方面4项，分别是体现科研规模的“论文数量”、体现科研质量的“论文质量”、体现顶尖成果的“高被引论文”、体现顶尖人才的“高被引学者”;服务社会方面3项，包括测量科技服务贡献的“企业科研经费”、测量产学研合作的“校企合作论文”、测量成果转化效益的“技术转让收入”。排名负责人程莹博士指出，”中国最好大学排名指标选择的导向是反映学生、雇主、学者、企业等大学服务对象对大学的‘集体判断’，充分体现了排名作为第三方市场评价的独特价值。“

在综合排名以外，最好大学网还发布了所有指标的单项排名。“生源质量”指标排名显示，国内顶尖学生优先报考的依然是清华大学和北京大学，首年招生的中国科学院大学排名第3，其次是中国人民大学、南京大学、上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学、浙江大学和南开大学。前20名中也有中央财经大学、上海财经大学等财经类院校以及外交学院、北京外国语大学这些特色大学。新成立的地方高校上海科技大学首年招生，生源质量就跃居第48名。民办大学中排名前列的都是中外合作办学的大学，其中上海纽约大学排名最高，位列第33名，香港中文大学(深圳)第39名，宁波诺丁汉大学、西交利物浦大学、温州肯恩大学、北京师范大学-香港浸会大学联合国际学院分别排在第101、第133、第200、第260位。

中国最好大学排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus，爱思唯尔集团科研解决方案内容与分析全球总监M'hamedAisati先生指出，“中国在科研产出和科研影响力方面持续增长，爱思唯尔旗下的Scopus数据库和Scival分析工具可以全方位评价高校的科研表现，我们将中国高校的有关数据提供给在大学排名领域具有国际影响力的上海软科来开发‘中国最好大学排名’，希望排名结果对中国高校实施战略管理和制定科研政策产生积极贡献。”“科研规模”指标排名中，最近5年被收录论文最多的五所大学依次为浙江大学、上海交通大学、清华大学、北京大学和四川大学;“科研质量”指标排名显示标准化论文影响力高于世界平均水准的中国大学有55所，排名第一的是中国科学技术大学;“高被引论文