学校自1956年开始招收本科生，1978年开始招收研究生，1981年获得硕士学位授权资格，1999年获得同等学力人员申请硕士学位的授权资格，2003年获准成为临床医学硕士专业学位培养单位，2009年获准成为口腔医学硕士专业学位培养单位，从2005年起，先后与北京中医药大学、首都医科大学、天津中医药大学联合培养蒙医学、中西医结合、中医内科学、影像医学与核医学、外科学、细胞生物学、中药学等7个学科的博士研究生。2009年，学校被内蒙古自治区政府确定为自治区博士学位授权立项建设单位。率先在全国建立了能够同时培养本科生、硕士生、博士生层次齐全的民族医学高等教育体系，形成了现代医药学、中医药学、蒙医药学高等教育“三位一体”的办学特色。学校现有6个一级学科、47个二级学科硕士学位授权点、26个本科专业。其中，基础医学、临床医学、中医学、药学、中药学、护理学6个硕士学位授权学科为一级学科。本科专业中，蒙医学、中药学和蒙药学被评为教育部第二类特色专业；蒙医学专业被教育部批准为“本科教学工程”地方高校第一批本科专业综合改革试点之一；蒙医学、口腔医学、临床医学、麻醉学、影像医学在一本线招生；临床医学、中医学、药学、蒙医学、中药学、护理学、影像医学与核医学、口腔医学、麻醉学、药物制剂技术等12个专业为自治区品牌专业；组织学和胚胎学、病理解剖学、药用植物学和生药学、药理学、病理生理学、中医诊断学、生物化学、儿科学、外科学、蒙医诊断学、天然药物化学、基础护理学、诊断学、医学遗传学、蒙医疗术学、药物分析、护理学基础、中医内科学、药物化学、影像医学与核医学、社区护理学、人体解剖学、口腔颌面外科学、蒙医方剂学等32门课程为自治区精品课程。学校现有全日制在校生16987人。其中，本科生10788人、专科生2456人、研究生1428人、留学生72人，民族预科生70人，中职生2173人，本科各专业面向国内28个省、市、自治区招生。

学校现有3个国家临床重点专科——骨外科学、神经外科学和普通外科学，3个国家中医药管理局重点学科——蒙医学、蒙药学、伤寒学，1个国家中医药管理局重点专科——蒙医脾胃病学；有1个自治区优势特色学科——中医学（蒙医学），病理学与病理生理学、眼科学、影像医学与核医学、外科学（普外、骨外）和民族医学（蒙医学）5个自治区重点学科，人体解剖与组织胚胎学、内科学（血液病）2个自治区重点培育学科，自治区临床医学领先学科7个，自治区临床医学重点学科7个。有自治区中蒙药重点实验室、自治区医学细胞生物学重点实验室、自治区分子病理学重点实验室、自治区分子生物学重点实验室、自治区分子影像学重点实验室5个自治区重点实验室；有新药筛选工程研究中心、动物脏器高值化利用生物活性肽工程实验室2个自治区工程研究中心（实验室）；有分子与功能影像工程技术研究中心、自治区数字转化医学工程技术研究中心、2个自治区工程技术研究中心；有生物医学综合实验教学中心、形态学实验教学中心、药学基础实验教学中心、中蒙医临床模拟实验教学中心、护理实验教学中心、临床技能培训实验教学中心6个自治区级实验教学示范中心。其中，中蒙医临床模拟实验教学中心被评为国家级实验教学示范中心。内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所设在我校。学校紧密依托蒙医药学院和药学院的教学资源支撑、内蒙古国际蒙医医院的医疗资源支撑、内蒙古蒙医药博物馆的馆藏文献资源支撑、蒙药研究所和GLP实验室的科技创新平台支撑，全力打造蒙医药学科与专业特色，使该学科成为学校的优势特色学科，被自治区和国家中医药管理局评为重点学科，进一步巩固了学校该学科在世界范围内的领跑地位，2009年6月，蒙医药学被列为国家级非物质文化遗产项目。目前，国内仅有的2名该项目代表性传承人乌兰、阿古拉，均是我校的研究生导师。