学校是全国中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。中医学、中药学、中西医结合3个一级学科均具有博士学位授权，囊括40个二级学科博士学位学科授予点，并有43个硕士学位学科授予点。学校现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个，有国家中医药管理局重点学科48个，一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个，重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。

学校现有直属附属医院3所，有国家临床重点专科10个，国家中医药管理局重点专科35个。建设全国中医学术流派和全国名老中医药专家传承工作室25个。东直门医院（第一临床医学院）创办于1958年。经过半个多世纪的艰苦创业，已经发展成为一所集中医、中西医结合医疗、教学、科研于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，率先成为全国示范中医医院，首批列入北京市医疗保险定点医院，是国家食品药品监督管理局临床药理基地、民政部“明天计划”脑瘫患儿手术康复治疗定点医院。东方医院（第二临床医学院）创办于1999年，已建设成环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、管理科学、医疗水平一流、中医特色突出、具有综合服务功能的三级甲等医院，是全国示范中医医院、全国中医脑病中心、全国中医急症中心。第三附属医院（第三临床医学院）创办于1964年，是三级甲等中西医结合医院，北京市定点中西医结合医院，国家第三批重点中西医结合医院建设单位。学校另有临床教学基地37所，承担着全校学生的临床教学、实习、见习工作。

自建校之初，学校即在全国高等中医药院校中最早接收外国留学生，已为世界89个国家和地区培养了14000余名中医药专门人才，并先后与27个国家和地区的92所知名大学和研究机构建立了良好的合作关系。

学校主办有国家级学术期刊《北京中医药大学学报》、《北京中医药大学学报（中医临床版）》和《中医教育》杂志，是中医药学术交流的重要园地。

面对高等教育和中医药事业发展的新形势，学校正加快发展步伐，主动适应国家经济建设和社会发展的需求，坚定不移地走教育创新和内涵发展之路，为建设“有特色、高水平、国际知名的研究型大学”而努力奋斗