学校设有两个校区(江宁校区和五台校区)。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是行政、教学和科研中心。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。学校图书馆有纸质图书113万余册、中、外文电子图书540万余册，中、外文全文电子期刊约2.5万余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。

近年来，学校广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。

进入“十三五”，全校师生医护员工凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，全面启动实施“十三五”发展规划，努力把学校建成国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学。