学校现有1个国家重点学科、3个国家重点(培育)学科、1个农业部重点学科、2个国家林业总局重点学科、5个自治区重点一级学科、22个自治区重点学科、4个自治区重点(培育)学科。有10个博士后科研流动站。有11个一级学科博士学位授权点，21个一级学科硕士学位授权点，7种专业学位授权点。学位授权点涉及经济学、法学、理学、工学、农学、管理学、艺术学等学科门类。

“十二五”以来，学校新上国家973、863、科技支撑、国际科技合作以及公益性行业科研专项、自治区重大科技专项等科技项目和课题1324项，其中，国家自然科学基金390项，包括国家杰出青年科学基金1项、优秀科学青年基金1项、重点项目4项、重点国际合作研究项目1项;科研项目进账经费6.8亿元。先后有973个项目通过了鉴定评审和结题验收。学校在特色动物基因组及乳酸菌等研究领域的3项成果发表在影响因子超10.00的国际知名期刊《Nature Communications》上，研制开发的“益生菌Lactobacilluscasei Zhang”“口蹄疫疫苗中完整病毒含量的破乳检测技术”等成果成功地应用于伊利集团、金宇集团、内蒙古金河生物制品有限公司等知名企业。学校承担并组织实施的草原绿色肉业、牧区生产生态生活优化、传统乳制品现代化生产技术、内蒙古春玉米小麦持续丰产高效技术、河套灌区粮油作物节水技术等国家和行业科技集成与示范类项目，取得了重要进展和成果，在科技引领和支撑区域经济发展方面发挥了重要作用。两位教师获得自治区科学技术特别贡献奖，一位专家获得何梁何利科学与技术创新奖。学校作为第一完成单位获得省部级科技和社科类成果奖51项，作为主要完成单位获得国家科技进步二等奖2项、科普二等奖1项。

学校立项资助30个校级科技创新(培育)团队，其中有3个团队入选科技部重点领域创新团队支持计划、3个团队入选教育部科技创新团队支持计划、8个团队入选自治区科技创新团队支持计划。“乳酸菌筛选与乳品发酵技术国家地方联合工程实验室”获得国家发改委立项建设，学校已建成1个国家级野外科学研究观测站，38个省部级重点实验室、工程研究中心、野外台站和人文社科基地。2010年，学校被科技部批准为“国际科技合作基地”。2013年，内蒙古农业大学新农村研究院被列入第二批国家高等学校新农村发展研究院建设计划。2015年学校“绿色畜产品加工协同创新培育中心”和“现代马业健康发展协同创新培育中心”分别获得自治区教育厅批准立项建设。