学校注重科学研究，取得了显著成效。2001年以来，学校承担各类科研项目1880项，其中国家科技支撑项目5项，“863”项目2项，国家自然科学基金项目101项，国家社会科学基金项目143项，省部级项目506项。科研成果获得国家级奖励2项，省部级奖励422项。学校研发的《藏汉双语信息处理系统》获1999年国家科技进步二等奖，《藏文视窗平台、字处理软件和藏文网站》获2001年国家科技进步二等奖，受到了江泽民、胡锦涛等党和国家领导人的高度评价。学校编辑出版的《法藏敦煌藏文文献》和《英藏敦煌藏文文献》出版计划，实现了我国珍贵历史文献的回归与面世，在学术界引起强烈反响，被誉为敦煌学与藏学研究的又一个里程碑。

学校出版发行《西北民族研究》（国家级核心期刊）、《西北民族大学学报》（哲学社会科学版、自然科学版、藏文版、蒙古文版）。其中《西北民族研究》为CSSCI来源期刊，民族类核心期刊，甘肃省一级名牌期刊；《西北民族大学学报》哲学社会科学版被评为首届全国优秀社科学报，蝉联2-3届全国百强社科学报，国家级民族学类核心期刊，2009年被评为“中国北方优秀期刊”。《西北民族大学学报》自然科学版、藏文版被评为全国民族地区学报优秀期刊。

学校图书馆现有图书资料372万余册，其中纸质图书近192万册；博物馆馆藏文物2300余件，其中三级以上文物117件。图书资料和馆藏文物具有鲜明的民族特色。

学校坚持德育为先，以民族团结进步为价值追求，汇聚各民族优秀文化，发挥多元文化共生共存的优势，深入开展民族团结进步教育，努力推进民族团结进步，曾先后两次被国务院授予“全国民族团结进步模范集体”光荣称号，三次被甘肃省授予“全省民族团结进步先进集体”光荣称号。学校生命科学与工程学院被授予“国家西部大开发突出贡献集体”荣誉称号。