科研工作：学校现有省级重点学科6个，省级2011协同创新中心1个，省级重点实验室1个，省级工程技术研究中心1个，省高校工程研究中心2个，省部级人文社科基地8个，省高校重点实验室6个，重点打造妈祖文化、工艺美术、电子商务、鞋服技术、医疗健康等产学研合作平台。发挥妈祖文化研究独特的地域优势、历史优势和人文优势，取得了丰硕的研究成果。“妈祖文化传承与发展协同创新中心”成为第二批省级“2011协同创新中心”；妈祖文化研究中心成为第一批省社科研究基地和省高校人文社科优秀研究基地，并被评为省高校新型特色智库。学校还是国家体育总局妈祖民俗体育文化研究基地、全国台联海峡两岸妈祖文化研习交流基地、中国社科院历史研究所妈祖文化研究基地，并是福建省妈祖文化研究会的挂靠单位和会长单位。2012年以来，学校获得各类科研项目801项，项目总经费超过1亿，其中国家自然科学基金项目7项、国家社科基金项目5项。获省科技进步奖、省社科优秀成果奖、省百花文艺奖共4项。

合作办学：与中国社科院历史研究所、万好国际集团等150多个企事业单位开展政产学研合作。与英国邓迪大学、新西兰梅西大学、澳大利亚西悉尼大学、澳大利亚卧龙岗大学等10多个国外大学开展交流合作，2016年，与美国新奥尔良大学联合开设公共事业管理（医疗健康产业管理方向）专业。师生出国（境）访学、研修频繁。作为福建省首批闽台高校联合培养人才项目试点高校，2011年开始与实践大学、明道大学、嘉南药理大学、朝阳科技大学、弘光科技大学、新竹教育大学、大同大学等七所台湾高校开展合作办学。 

服务地方：学校依托莆田学院政产学研领导小组平台，大力推动政产学研合作工作。通过参加6•18项目成果交易会等途径，积极推介、对接科研成果。成立10个校级“2011协同创新中心”、33支服务地方团队，积极与政府部门、行业协会、企业开展产学研合作，成立莆田市经济发展研究中心、莆田市旅游发展研究中心等地方智库，贴近莆田市产业发展的需要，与相关产业共建现代装备、电子信息、电子商务、工艺美术、医疗健康、食品与化工等6个产业学院，和相关六个专业群，并以此为契机，推进学校转型发展工作。学校承担每年一次的妈祖祭典表演，为莆田市建设世界妈祖文化中心作出了积极贡献。