临床医学系

临床医学系的教育目标在于为基层培养留得注用得上、信得过的应用型、创新型医学人才。临床系注重实践教学，引入全科医学理念。将临床医学系设在附属医院（厦门市第二医院），由医院承担学校临床医学专业学生的理论授课、实训、见习课程以及各专业的临床实习、毕业实习。毕业后可在城市社区卫生服务中心、农村乡镇卫生院等基层医疗单位从事医疗卫生工作,或在医学院校,医学科研单位及医疗卫生机构从事技术辅助工作的医学专业技术人才。

医学技术系

医学技术系设有卫生信息管理专业和眼视光技术专业。医学技术系在多家医疗机构，大型眼镜生产营销公司，软件公司建立了专业实习基地，并经劳动部门批准成立了计算机高新技术鉴定站和眼镜职业技能鉴定站。2008年与宝岛眼镜公司签订联合办学协议，由宝岛眼镜公司负责：1、接收毕业生。2、提供教学仪器设备。（目前已有价值28.36万元教学仪器设备在校使用）3、选聘专业课教师承担部分课程教学任务，承担学生见习及毕业实习任务。

基础部

基础部设医学基础与公共基础两个部分。医学基础实验教学中心资产上千万，拥有大体解剖数码互动实验室、显微数码互动实验室、病原微生物与免疫学实验中心、病理显微实验室、机能学实验中心、心理咨询中心、心理学实验室和心理健康教育培训基地。人体标本陈列室具有医学教学特色，各类标本1000余件。《人体解剖学与组织胚胎学》、《心理学》为省级精品课程。

师资力量

2006年12月在接受教育部评估时，以“拥有一支高素质的师资队伍和优良的办学条件。”得到专家组的高度评价。专任教师135人，其中博士硕士74名，占55%；教授、副教授47名，占35%；在40%的专业课教师为“双师型”。师资队伍在同类学校中名列前茅。