学校设有200多个研究机构，其中国家级协同创新中心2个，国家重点实验室4个，国家工程实验室1个，国家工程技术研究中心1个，国家地方联合工程实验室3个，教育部重点实验室5个，教育部工程研究中心3个，教育部人文社科重点研究基地5个。厦门大学国家大学科技园是福建省内仅有的两个经科技部、教育部认定的国家级大学科技园之一。“十二五”以来，学校自然科学科研实力大幅提升，在《科学》、《自然》、《细胞》及其子刊等国际高水平学术期刊上发表论文50余篇；获国家自然科学二等奖4项，获教育部自然科学一等奖1项、二等奖3项；1项成果入选“中国科学十大进展”，2项成果入选“中国高校十大科技进展”，1项成果获中国专利金奖。学校人文社会学科研究实力雄厚，共承担国家社科基金项目174项（其中国家社科基金重大项目15项），教育部哲社研究重大课题攻关项目10项；32项成果获教育部第六届、第七届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学），其中一等奖3项；厦门大学在台湾研究、南洋研究、高教研究、经济研究、会计研究、南海研究等领域已经形成自身特色，实力居国内高校前列。2015年，学校科研经费近10.88亿元。

学校对外交流与合作深入开展，已与境外300多所高校签署了校际合作协议，与39所世界排名前200名的高校开展实质性交流合作。积极参与汉语国际推广工作，已与北美洲、欧洲、亚洲、非洲等地区的大学合作建立了16所孔子学院，并获批建设“孔子学院院长学院”。在对台交流方面，学校具有得天独厚的地理条件和难以替代的人文优势，已成为台湾研究的重镇和两岸学术、文化交流的前沿。7月，厦门大学马来西亚分校开工建设，学校成为我国第一个在海外建设独立校园的大学。2016年2月22日，厦门大学马来西亚分校举行首批新生开学典礼。

学校拥有完善的教学、科研设备和公共服务体系。目前学校占地近9000亩，其中思明校区位于厦门岛南端，占地2600多亩，漳州校区占地2500多亩，翔安校区占地3600多亩，校舍建筑总面积190多万平方米，图书馆馆藏纸质图书总量440多万册、电子图书1072GB，固定资产总值84.55亿元，仪器设备总值25.29亿元；拥有7家附属医院。校园高速信息网络建设的规模、水平居全国高校前列并成为CERNET2的核心节点之一。厦大校园依山傍海、风光秀丽，已成为公认的环境最优美的中国大学校园之一。