党中央、国务院对办好集美大学高度关注。江泽民同志亲自为学校题写校名并题词“弘扬嘉庚爱国精神，振兴中华教育事业”，李鹏同志为集美大学题词“弘扬嘉庚精神，办好集美大学”，乔石、李岚清等中央领导对办好集美大学也作了专门题词。李岚清同志不仅对学校的合并改革工作作出了一系列重要指示，而且亲自为学校揭牌，亲临学校视察、指导。2004年10月，中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林同志视察学校并为陈嘉庚先生铜像揭幕；中共中央政治局常委习近平同志，中共中央政治局常委、中纪委书记贺国强同志在福建省主政期间，都曾担任集美大学校董会主席，每年都亲临学校关心指导，大力推动了学校的改革发展工作。2006年7月，国务委员陈至立同志来校视察，对学校所取得的办学成绩给予高度评价。2007年8月，教育部部长周济同志视察学校后说：“集美大学这几年发展得很好！”省、市领导也多次莅临集美大学指导工作。

集美大学在长期办学实践中形成了航海、水产专业优势和特色。航海教育是我国培养高级航海人才的重要基地，在全国和东南亚都具有较大的影响，是国内高水平航海院校之一；水产学科是福建省水平较高的学科之一，在国内具有一定的优势和影响。轮机工程和水产养殖学是省级重点学科，轮机工程、机械设计制造及其自动化两个专业为省级高等学校本科教育特色专业点。

蜚声海内外的集美学村，走过了90多年光辉的历程，不断发展壮大的集美大学也即将迎来建校90周年。面向未来，学校明确了今后一个时期的三大任务，即力争以优异成绩通过教育部2007年本科教学工作水平评估，进一步提高教学质量和办学水平；积极发展研究生教育；到2007年，高质量、高起点地完成新校区50多万平方米校舍的建设任务，满足我校各项教育事业可持续发展的需要。

集美大学21世纪初期的战略目标是：用20年左右的时间，切实增强办学综合实力，把集美大学办成一所面向世界、面向海峡西岸经济区、面向海洋，特色鲜明，具有较强国际竞争力和较高水平的多科性大学。