学校现有研究生院、基础医学院、公共卫生学院、医学技术与工程学院、药学院、护理学院、口腔医学院、临床教学部、外国语学院、人文学院、协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、思想政治理论课教学研究部、体育教学研究部、海外教育学院、成人教育学院、继续教育学院等20个学院（部）；七年制临床医学、五年制临床医学、预防医学、口腔医学、医学检验技术、麻醉学、护理学、医学影像学、药学、公共事业管理、社会工作、康复治疗学、应用心理学、药物制剂、英语、基础医学、临床药学、生物制药、食品质量与安全、医学影像技术、卫生检验与检疫、医学实验技术、生物信息学、生物医学工程、药物分析等25个本科专业；有基础医学和临床医学2个一级学科博士点、27个二级学科博士点，有一级学科硕士点8个、二级学科硕士点55个，硕士专业学位授权点6个。在校生23500多人，其中全日制的本科生13000多人、博士研究生240多人、硕士研究生2100多人，本科专业面向全国招生，并招收港澳台侨生和外国留学生。此外，学校已形成了多学科、多层次的成人医学教育办学体系。

学校现有教职医护员工9492人（含附属医院），其中校本部952人。在1265名专任教师中，具有研究生学位占68.70%，高级职称占69.17%。博士生导师112名，硕士生导师610名。国家“千人计划”人选1人，“南丁格尔”奖章获得者1人，国家有突出贡献中青年专家4人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选3人，卫生部有突出贡献中青年专家5人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，全国高校优秀骨干教师1人，享受国务院特殊津贴专家110人，福建省“百人计划”人选6人，福建省“外专百人计划”人选1人，福建省高校领军人才1人，“闽江学者奖励计划”人选9人，福建省优秀专家23人，“福建省百千万人才工程”人选63人，福建省杰出人民教师3人，福建省杰出科技人才4人，福建省高校教学名师14人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选41人，福建省高校杰出青年科研人才培育计划17人，福建省优秀人才6人，福建省高校创新团队6个，海西产业人才高地领军人才1人。