学校现有教职医护员工5398人，其中校本部966人。在835名专任教师中，具有研究生学位占58%，高级职称占55.1%。博士生导师65名，硕士生导师482名。目前，各类在校生20000多人，其中本科生10000多人，博士、硕士生近2000人，本科专业面向全国20个省、直辖市、自治区和港澳台地区招生。

福建医科大学排名2016年排行第285名

目前，学校有临床医学博士后科研流动站1个，科研机构65个，福建省“211”工程重点学科2个，省重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科6个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省高校重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25233平方米，图书、资料153万册，是福建省医学图书中心馆。