福建医科大学前身是创办于1937年的福建省立医学专科学校，1939年改名为福建省立医学院，1949年改称福建医学院，1969年与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院，1996年4月更名为福建医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。

截至2017年5月，学校建有上街、台江2个校区，占地约1500亩，校舍建筑面积42万多平方米；学校设有20个学院（部），本科专业26个，博士学位授权一级学科2个，硕士学位授权一级学科8个，硕士专业学位授权类别6个；校本部有教职员工1200多人，有全日制在校本科生12900多人、博士研究生260多人、硕士研究生2700多人，在校留学生、港澳台生500多人，成人教育学生4900多人

福建中医药大学（Fujian University of Traditional Chinese Medicine） 原名福建中医学院，创建于1958年，是中国创办较早的高等中医药院校之一，是福建省重点建设高校，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学， 2015年入选卓越医生（中医）教育培养计划。

据2017年1月学校信息显示，学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值2.5亿多元，纸质图书120万册、电子图书73万册；设有13个学院（部），开办19个本科专业；有全日制在校生1.2万多人，其中研究生1500多人；有教职医护员工（含四所直属附属医院）3000多人，其中具有高级职称的专业技术人员500多人。

2017年10月17日，陈立典同志任中共福建中医药大学委员会书记；李灿东同志任中共福建中医药大学委员会副书记、福建中医药大学校长（试用期一年）。

厦门医学院（Xiamen Medical College）是2016年3月经国家教育部批准，在厦门医学高等专科学校基础上建立的公办普通学校。

学校前身为厦门护士学校、厦门医士学校、厦门助产学校，1953年因该地 医学类学校师资力量薄弱，三校整合成立了福建厦门卫生学校；2007年经教育部批准改名为厦门医学高等专科学校；2016年3月经国家教育部批准成立厦门医学院。