另外，由于分部门管理、分部门制定法律，还造成了多个部门的执法主体，使有关部门在执法和职责分工上重复和扯皮。如根据《消防法》规定，火灾事故的追查处理应当由公安消防部门负责，而根据国务院《特别重大事故调查程序暂行规定》，往往火灾事故要由安全生产监督管理部门牵头调查。再如，根据《消防法》第十七条的规定，易燃易爆危险物品由公安消防部门负责监督管理，而(2002年1月26日中华人民共和国国务院令第344号公布，2011年2月16日国务院第144次常务会议修订通过)的《危险化学品安全管理条例》却规定，易燃易爆危险物品要由国家安全生产监督管理部门管理，可《中华人民共和国安全生产法》第96条又规定，危险化学品不包括易燃易爆危险物品等。类似的这些法律相互矛盾的现象很多，已使不少地方的生产安全部门与公安消防部门、环保部门、技术监督部门、卫生部门因执行法规不同而形成相互扯皮现象，严重影响了依法行政，影响了政府在人民群众中的形象。

再者，由于政府机关分部门管理，企业事业单位都要按照政府的要求设置安全生产科、处，环保科、处，保卫科、处等相对应的机构，使得企业、事业单位的安全管理无法统一进行，影响企业事业单位的经营管理和效益。

二、不利于发挥各灾害事故防治部门的整体效能

灾害事故的防治应当是一个有机的整体，虽然不同的灾害事故有其不同的性质、起因和危害，但其相互间的渗透性、致灾因素的因果性、事发的突然性、抢险救援的急迫性、行政管理的监督性、管理对象的同一性、运用法律的相近性等却都是一致的。譬如，城市火灾与森林火灾，火灾与大气污染，气象与火灾、水灾、雹灾、旱灾、风灾，地震与火灾、环境灾害，保护森林与保护环境，环境保护与防火、防洪，火灾事故与生产事故，抢险救援与急救等，它们之间都有着千丝万缕的联系，且联系都很紧密。诸如各种事故隐患的整改、防灾措施的推行等，都需要一个整体的机构去管理。但由于我国实行的是分部门管理的体制，而各种灾害事故的防治又是一项社会性十分广泛的工作，涉及到社会生活的各个方面，所以各地都组建了政府的消防安全委员会、安全生产委员会、防汛抗旱指挥部、护林防火指挥部、防震减灾领导小组、环境保护领导小组和人民防空领导小组等诸多的协调性机构进行协调。这样，有多少个灾害事故防治部门就都需要有多少个灾害事故防治的委员会、指挥部或者领导小组，这多少个委员会、指挥部或者领导小组又都要有同级政府的一个行政领导挂帅、牵头，都要有其他有关部门的行政领导参加，而具体工作仍还得由原行政部门办理。还因其是非实体性协调机构，没有任何行政执法职能，且每一个灾害事故防治行政部门都不是由一个政府领导分管，对其他灾害事故防治行政部门没有任何制约作用，故除了每年组织几次联合安全大检查、向政府写几次工作情况报告外，其他方面无法协调。就是检查出来的事故隐患也无法直接用行政手段解决，还得由具体的灾害事故防治行政部门分头去解决，行政效力极低。这样交叉重复的工作方式不仅给有关行政部门的工作造成忙乱，而且严重降低了工作效率，各有关灾害事故防治行政部门的整体管理效能也无从发挥。如国家的安全生产监督管理局由原部属局升格为副部级局，正部级局。规格越来越高，但事故率却越来越升，伤亡损失越来越大。往往前面的大火还未处理完，紧接着就发生多起重大着火、爆炸事故;先是天上掉飞机、海上沉船舶，紧接着就是河南、河北、山西、陕西的大矿难，一次就是几百人遇难，教训非常沉痛。国务院不得不一次又一次发出安全生产大检查的紧急通知。这些紧急通知除了各地安全生产部门象征性的组织几次安全大检查外，有多少事故隐患能够从根本上根治呢?这些不是说安全生产监督管理部门有多大责任，而是现行体制受到了很大的制约。