学校现有附属医院6所（综合性医院4所，儿童医院、口腔医院各1所）。在《2013年中国最佳医院综合排行榜》（全国100所）中，附属儿童医院、附属第一医院、附属第二医院分别排名第57位、第67位、第88位。各附属医院共拥有国家临床重点专科28个，居全国前列。医院开放床位8900余张，年门诊量700余万人次，年收治住院病人近29万人次。另有2所附属医院正在建设阶段。此外，有9所非直属附属医院和30多所教学医院分布在重庆、四川及深圳等地。

学校坚持自主创新，科学研究能力和水平不断提升，“十二五”以来，牵头承担国家科技重大专项、国家重大科研仪器研制专项、国家重大科学研究计划项目、国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术发展研究计划（863计划）项目、国家科技计划支撑项目、教育部新世纪优秀人才项目、国家自然科学基金项目540余项。获各类科技成果奖励110余项，其中重庆市科学技术奖、何梁何利奖等省部级以上奖励40余项。学校独立研制的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀）属世界首创，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。实现产业化以来，海扶系列设备已在全国1000余家医院投入使用，出口欧盟、俄罗斯、日本、韩国、新加坡等数十个国家和地区。2011年底，学校申请的国家重大科研仪器研制专项——“球形聚焦集声系统”项目获得国家自然科学基金委员会6000万元资助,成为重庆市迄今为止所获得的最大的基础研究资助项目。

学校积极开展国内外交流合作，近年来与美国、英国、法国、日本、加拿大、澳大利亚、比利时、瑞典、新西兰、韩国、马来西亚等国家和地区的10余所高水平大学开展研究生、七年制和本专科生联合培养，以及科学研究合作。与复旦大学、华中科技大学、西南大学等国内重点大学联合培养七年制学生。