学校科研实力雄厚，建有重庆市北碚国家大学科技园、1个国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个省部共建国家重点实验室培育基地、10个教育部或农业部重点实验室、3个教育部工程研究中心、3个"111计划"创新引智基地、2个国家野外科学观测试验站、2个农业部科学观测实验站、2个国土资源部野外基地、1个教育部人文社科重点研究基地、13个重庆市人文社会科学重点研究基地。近五年来，学校科研立项数量和经费大幅增长，年增幅均达30%以上，获"973""863"国家社会科学基金重大委托项目等国家级项目700余项，获得授权专利800余项，育成动植物新品种30个，出版专著600余部，发表各类论文13000余篇。"十二五"以来获国家科技进步二等奖1项、省部级奖近100项。

学校现有专任教师近2700人，其中教授、副教授1800余人（含研究员系列），博士生导师近300人，硕士生导师1200余人，在职两院院士3人（其中中国科学院院士1人、中国工程院院士2人），资深教授1人，国家级教学名师3人，国家级有突出贡献专家15人，国家级教学团队4个，"长江学者"4人，"千人计划"入选者5人，"国家杰出青年基金"获得者2人，"973"项目首席科学家2人，"百千万人才工程"国家级人选13人，3个教育部创新团队，国务院学位委员会委员和学科评议组成员7人。

学校现有在校学生5万余人，其中普通本科生近4万人，硕士、博士研究生11000余人，留学生700余人。学校按照"注重人格塑造，突出综合培养，强化实践训练，服务社会民生"的教学理念，积极探索适应经济社会发展的人才培养模式，不断强化教学的中心地位。建校以来，共培养了20余万各行各业、各个层面的优秀人才，涌现出了袁隆平、吴明珠、向仲怀、胡锦矗、张鲁等大批的专家学者和知名人士。

学校注重发挥自身优势，不断拓展校地合作区域和领域，服务地方经济社会发展。建有西南大学新农村发展研究院，近年来学校与重庆、四川、云南、贵州等省市30余个地、市、县和一批龙头企业建立了战略合作关系，与20多个省市的近200个县市开展了科教合作，取得了显著的经济效益和社会效益。其中与重庆市石柱土家族自治县的县校合作，得到了各级领导的好评，被《光明日报》誉为产学研有效结合的"石柱模式"。