(1)全面性原则

内部控制应当贯穿决策、执行和监督全过程，覆盖企业及其所属单位的各种业务和事项。

因为，在内部控制程序的所有环节中，有一个环节没有发挥作用，所有起作用的环节，也会变得无用。

(2)重要性原则

内部控制应当在全面控制的基础上，关注重要业务事项和高风险领域。行业、规模、性质、所处地域、组织形式等不同，高风险领域不同。内部控制不能防范所有风险，但要关注重要业务事项和高风险领域，防范颠覆性风险。

(3)制衡性原则

内部控制应当在治理结构、机构设及权责分配、业务流程等方面形成相互制约、相互监督，同时兼顾运营效率。内部控制的核心思想是权力平衡，制约对象是权力，权力分配合理，约束适当是内部控制的难点。内部控制过于复杂会影响效率，风险大的业务，首先是防范风险，其次才是兼顾运营效率。

(4)适应性原则

内部控制应当与行政事业单位的规模、竞争状况和风险水平等相适应，并随着情况的变化及时加以调整。内部控制不能拷贝，也不能克隆。别人的成功经验，拿过来不一定能用。

行政事业单位发展的不同阶段、外部环境的变化、战略目标的调整等，内部控制要随之变动。

(5)成本效益原则

内部控制应当权衡实施成本与预期效益，以适当的成本实现有效控制。内部控制的设计和运行受制于成本与效益原则。成本小于效益，是任何理性的管理活动都必须遵循的法则。

3、建立与实施内部控制应包括的要素:

(1)内部环境是行政事业单位实施内部控制的基础。

(2)风险评估是行政事业单位及时识别、系统分析经营活动中与实现内部控制目标相关的风险，合理确定风险应对策略。

(3)控制活动是行政事业单位根据风险评估结果，采用相应的控制措施、政策和方法，将风险控制在可承受范围之内。

(4)信息与沟通是行政事业单位及时、准确地收集、传递与内部控制相关的信息，并在行政事业单位内部、单位与外部之间进行有效沟通。

(5)内部监督是行政事业单位对内部控制建立与实施情况进行监督检查，评价内部控制的有效性，发现内部控制缺陷，应当及时加以改进。

三、当前行政事业单位内部控制存在的主要问题

1.费用支出缺乏有效控制行政事业单位对于行政经费的支出，特别是招待费、办公费、会议费、水电费等，普遍缺乏严格的控制标准;即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制。