(二)缺乏完善的监督考核机制

很多行政事业单位内审机构的设置不合理,大多属财务部门内设,没有独立性,也就无法进行正常的内部控制管理。有些单位虽然具备内部审计机构或指定专门的审计人员,但不能对内部会计管理存在的缺点和问题及履行有效性做出客观公平的评价。

(三)内部控制审计方法落后

目前，许多行政事业单位的内审机构仍采取事后审计，工作方法单一且落后。这样没有对单位内部控制进行全方位、全过程的跟踪监审。不进行事前和事中控制，就不会及时发现单位业务发生过程中各个环节存在的问题，从而无法把行政风险降到最低。而且随着行政单位对计算机信息化等高科技的引入，管理方法的创新，审计内容也相应扩展，工作内容大幅增加，因此，如果审计手段仍停留在原始阶段，依靠业务素质不完善的内审人员手工操作，那么内审工作的科学性及权威性便很难得到切实保障。

(四)内部控制审计人员结构单一导致审计局限性

为了更好地服务和规范单位的经济行为，内部控制审计人员必然参与到单位的各类经济行为中。这就要求审计人员的知识多元化，不仅要懂得财务和审计知识，而且还要精通各项相关业务。内控审计人员的素质成为开展高层次审计监督的关键所在。由于我国一直存在着一种“审计即是审账”的思想，大多数的内控审计人员都是财务出身，知识面比较单一，缺乏经营、管理等相关方面的知识和经验，因此在审计内容方面，一般内部审计人员将大部分精力投入到检查财务数据是否合理合法上，认为这就是内控审计，他们的审计对象主要集中在账证、账表、账账是否相符，忽略了公共服务效率和效果的控制，片面理解了内控制度审计的内涵，使得内控审计仅从凭证和账面找问题，难以从实际工作的深层次上发现问题。

四、内部控制审计手段与方法的探索与改进措施

(一)建立健全独立的内审机构。行政事业单位，特别是行政主管部门设立独立的内部审计机构，是搞好系统内部审计的基本保证。在对行政事业单位机构实施改革的时候，我们不能强行要求各行政事业单位都要设立内部审计机构，但是各行业的行政事业主管部门应设立独立的内部审计机构，如果行业主管部门都没有独立的内部审计机构，势必不利于内部审计工作的正常开展。行业行政主管部门内部审计部门的独立性应强调与其它职能部门相对独立，特别要求的是与财务、纪检、监察部门分设，不能有行政隶属关系，内部审计机构要在本单位主要负责人的直接领导下，独立行使内部审计职能，对本单位主要领导负责并报告工作。