学校现有全日制在校生9934人，其中本、专科生6213人，硕士研究生3064人，博士研究生657人，研究生占37%，境外学生占9%。另有继续教育学生3237人，远程教育学生14128人，目前全校各类在校生达27299人。

学校现设有基础医学院、中药学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、马克思主义学院、国学院、国际学院、台港澳中医学部、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、研究生院、远程教育学院、继续教育学院等教学机构。学校致力于构建面向未来的以高层次教育为主的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、公共事业管理（卫生事业）、工商管理（药事管理）、信息管理与信息系统、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）11个本科专业。

学校是全国高等中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。中医学、中药学、中西医结合均具有一级学科博士学位授权，囊括42个二级学科博士学位学科授予点，并有45个硕士学位学科授予点。学校现有一级学科国家重点学科2个，涵盖二级学科国家重点学科15个；有国家中医药管理局重点学科48个；一级学科北京市重点学科2个，二级学科北京市重点学科8个；重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。

学校现有东直门医院（第一临床医学院）、东方医院（第二临床医学院）、第三附属医院（第三临床医学院）、枣庄医院（第四临床医学院）4所直属附属医院。学校有国家临床重点专科15个，国家中医药管理局重点专科35个。建设全国中医学术流派和全国名老中医药专家传承工作室42个，北京中医药“薪火传承3+3工程”名医传承工作站33个。另有临床教学基地36所，承担着全校学生的临床教学、实习、见习工作。

自建校之初，学校在全国高等中医药院校中率先接收外国留学生，已为世界90个国家和地区培养了两万余名中医药专门人才，并先后与30个国家和地区的108所知名大学和研究机构建立了良好的合作关系。