所有高校一志愿的录取都结束后，再进行二志愿的投档。只有一志愿未完成计划的院校参与二志愿投档，投档过程和一志愿类似。在投档前将二志愿填报同一院校且未被录取的考生在同一个队列排队，根据从高分到低分的顺序，按缺额的计划数进行投档。如果二志愿结束后，仍有院校未完成计划，将进行征集志愿。

从以上顺序志愿的投档流程可以看出，顺序志愿中的第一志愿非常重要，考生一旦一志愿报得太高而未被录取，等到二志愿投档时，往往其二志愿院校已经录满或者二志愿分数线飙升，留给该考生的二志愿机会就很少了。对于顺序志愿的填报，考生一定要根据自己的分数和院校及专业意愿谨慎选报第一志愿，避免冲高。

(二)平行志愿投档

平行志愿投档，按照“分数优先，遵循志愿”的原则进行。北京市高招录取采用平行志愿投档方式的有：本科一、二、三批志愿(含征集志愿)投档;专科普通批志愿(含征集志愿)投档。

平行志愿投档过程如下：投档前，对同一科类分数线上未被录取的考生按总分从高分到低分进行排队，所有考生排一个队列，排队在前的考生优先投档。具体到一名考生的投档过程是：根据该考生所填报平行志愿的志愿顺序(先A后B再C)，检索符合条件的志愿院校。即先检索该生的A志愿院校是否未满额，如果A志愿院校满额，则继续检索B志愿院校，如果B志愿高校未满额，则进行投档，该生投档处理结束，否则继续检索C、D、E……如果该考生所有平行志愿都未投出去，则该考生属于未能投档的考生，此考生处理结束。下一步，计算机继续进行队列中下一位考生的投档过程。

平行志愿的投档中遇到总分相同考生，按以下原则处理：若考生总分相同，则按单科顺序及单科成绩从高到低排序进行排队。本科批次单科成绩的排列顺序为：语文、数学(文/理)、外语、文科综合/理科综合。也就是说，如果多名考生总分相同，符合同一所高校投档条件，而且计划余额不足时，先比较语文成绩，单科成绩高者优先投档;若语文成绩相同，则依次比较数学(文/理)、外语、文科综合/理科综合单科成绩再行投档。专科批次单科成绩的排列顺序为：语文、数学(文/理)、外语。单科成绩均相同者则同时投档。