学校具有较强的学术发展与科研实力，在校本部和附属医院拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室的基础上，建有高水平的国家级、市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都卫生管理与政策研究基地等。有1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、7个北京市工程技术研究中心。近5年来，学校承担了国家“973”、“863”、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市自然基金，以及国家教育部、卫生计生委、科技部、北京市科委、北京市教委等科研项目2319项(其中国家级科研项目1137项)，累计科研经费16.9亿元;获得各类各级奖励84项，其中国家科技进步奖8项、北京市科技奖29项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖21项、中华医学科技奖20项、何梁何利科学与技术进步奖1项、吴阶平医学奖3项、北京市哲学社会科学优秀成果奖2项;获得专利授权297项。神经生物学、细胞生物学、基础免疫学、医学图像处理、生物信息检测与处理、神经内科、神经外科、心脏内外科、肾移植、呼吸内科、消化内科、口腔生物医学、眼科、耳鼻咽喉科、小儿血液病等在国内外享有较高的声誉。

学校和附属医院现有教职员工和医务人员35128人(校本部1560人，附属医院33568人)。有院士6人，特聘顾问11人，正高职称1875人，副高职称3275人。其中教授667人(校本部88人，附属医院579人),副教授1114人(校本部196人，附属医院918人);博士生导师362人(校本部80人，附属医院282人)，硕士生导师745人(校本部111人，附属医院634人)。有4个教育部创新团队;1个科技部重点领域优秀创新团队;校本部和附属医院总占地面积136.1万平方米(校本部24.7万平方米,附属医院111.4万平方米);总建筑面积224.4万平方米(校本部33.9万平方米，附属医院190.5万平方米);固定资产总值160.1亿元(校本部15.9亿元，附属医院144.2亿元);教学科研仪器设备总值28.8亿元(校本部10.5亿元，附属医院18.3亿元);图书馆藏书126.7万册(校本部80.4万册，附属医院46.3万册);住院病床16555张。