学校现有19所临床医学院暨附属医院，包括首都医科大学宣武医院(第一临床医学院)、附属北京友谊医院(第二临床医学院)、附属北京朝阳医院(第三临床医学院)、附属北京同仁医院(第四临床医学院)、附属北京天坛医院(第五临床医学院)、附属北京安贞医院(第六临床医学院)、附属复兴医院(第八临床医学院)、附属北京佑安医院(第九临床医学院)、附属北京胸科医院(第十临床医学院)、北京三博脑科医院(第十一临床医学院)、附属北京地坛医院(第十二临床医学院)、附属北京儿童医院(儿科医学院)、附属北京口腔医院(口腔医学院)、附属北京安定医院(精神卫生学院)、附属北京妇产医院(妇产医学院)、附属北京中医医院(中医药临床医学院)、附属北京世纪坛医院(肿瘤医学院)、中国康复研究中心(康复医学院)和附属北京康复医院(北京康复医学院)，以及预防医学教学基地(北京市疾病预防控制中心)。学校还设有37个临床专科学院、专科学系。

学校学科力量雄厚。现有8个国家重点学科，2个国家重点(培育)学科，56个国家临床重点专科(含中医)，14个国家中医药管理局重点(培育)学科，4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，2个北京市一级重点建设学科，6个北京市二级重点建设学科，1个北京地区高等学校学科群。3个国家临床医学研究中心,1个省部共建国家重点实验室培育基地，3个教育部重点实验室，1个教育部省部共建重点实验室，32个北京市重点实验室。有8个一级学科博士学位授权点和11个一级学科硕士学位授权点;按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和78个硕士学位授权点。有9个博士后科研流动站。

学校本专科专业齐全，设置的七年制专业中有临床医学(包括儿科方向)和口腔医学;本科专业中有临床医学、基础医学、口腔医学、预防医学、药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、公共事业管理(卫生管理)、医学实验技术、法学(卫生法学)、临床药学、医学检验技术等16个专业。高职高专教育设有护理、医学检验技术、药学等14个专业。现有全日制在校生10132人，其中研究生2943人，长学制学生1559人，本科生3214人，高专高职生1983人，留学生433人;成教学生4654人。学校培养医学与医学相关学科的学术型和应用型人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。