学校现有2所直属附属医院、13所非直属附属医院和170多家教学医院、实习医院和实习基地。直属第一附属医院是皖北地区规模最大的综合性医院，是卫生部首批三级甲等医院，拥有1个国家级临床重点专科，1个国家中医“十二五”重点专科，3个省级临床医学重点专科，6个省级重点培育专科，3个省高校重点学科，2个省级重点实验室，拥有安徽省首个肺癌综合诊疗中心，实际开放床3000余张。直属第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的省直三级甲等医院，是“全国百姓放心示范医院”、省新农合工作“优秀医院”，实际开放床位近1000张；拥有一批省级和校级特色学科和专科，技术力量雄厚，设备先进，服务优质，深受群众信赖，医院检验科被国家卫生部临床检验中心授予“全国优秀实验室”称号；2018年，占地300余亩、3000张床位的新院将矗立在淮河北岸，为皖北千万人民的身心健康保驾护航。

学校现有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区和淮上校区。龙子湖校区位于蚌埠市国家级AAAA级风景区龙子湖东岸，占地面积1000亩，总建筑面积达33万平方米，校园内水波荡漾、奇石点缀、树林成荫，构成了富有特色的绿色园林景观，是安徽省园林式单位和绿化模范单位和省第一届教育系统文明单位。学校（含直属附属医院）现有教职医护员工近4000人，其中副高以上专业技术人员842人，教授、副教授407人。有全国优秀教师6人，全国和省五一劳动奖章获得者3人；省模范教师、优秀教师、先进工作者16人。有省学术和技术带头人及后备人选17人，省“特支计划”入选人才1人；省教育厅拔尖人才、省高校中青年学科带头人培养对象15人，省高校中青年骨干教师38人。享受国务院、省政府特殊津贴的专家54人。

学校充分发挥高校科研人才优势，积极服务地方社会经济发展，建设有“国家心理咨询师职业资格鉴定考试点”、“公共营养师国家职业技能鉴定站”、“育婴师、养老护理员国家职业技能鉴定站”和“安徽省肺癌综合治疗中心”、“安徽省骨关节疾病诊疗中心”、“安徽省生化药物工程技术研究中心”。近年来承担国家自然科学基金项目30余项，教育部各类课题项目10余项，获省厅级以上科研立项400余项，申报发明专利20余项，合作参与了包括国家重大科技专项973项目在内的国家级项目10余项，发表各类论文6100余篇，出版教材、专著50余部。曾获安徽省科技进步一等奖3项，卫生部科技进步二等奖2项。公开出版发行《蚌埠医学院学报》、《中华解剖与临床杂志》、《中华全科医学》3种学术刊物。