跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”，是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。有4个国家级高校特色专业建设点，2个国家级专业综合改革试点，2个国家级卓越医生教育培养计划项目；1个国家级教学团队；2门国家级精品课程和2门国家级精品资源共享课；2个国家级实验教学示范中心，1个国家级虚拟仿真实验教学中心；1名国家“万人计划”教学名师。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖1项。

现有教育部长江学者、青年长江学者、国家百千万人才工程等各类高端人才30余人次。有24人次在国际学术组织和SCI源期刊任职，5人次担任国家“十一五”、“十二五”规划教材主编。4人担任国家级专科学会主委，1人在亚洲学术组织担任主席，9人入选教育部高校医药学科教学指导委员会专家。10余人获得全国、全省模范教师、优秀教师光荣称号。

国家自然科学基金立项数连续多年保持省属高校领先地位。研究成果分别入选2010、度中国科学十大进展和2012年度中国高校科技十大进展。获国家科技进步二等奖1项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖一等奖1项、中国青年科技奖2项、中华医学科技奖一等奖4项。先后在《细胞》《新英格兰医学杂志》《自然遗传》等国际著名SCI刊物发表多篇高水平论文。

学校编辑出版的国家级期刊有《安徽医科大学学报》《中国药理学通报》《临床与实验病理学杂志》《中华疾病控制杂志》等14种。校图书馆是全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆，为安徽省高校数字图书馆医学分中心、教育部科技查新工作站。

学校坚持开放、合作、共赢的方针，与军事医学科学院、清华大学、中科院合肥物质研究院、香港大学等建立战略合作伙伴关系，目前临床学院达50余所，实践教学基地60余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市自治区。

学校同德国、澳大利亚、美国、英国、西班牙、瑞典、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校广泛开展合作交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展人才培养和科研合作。