学校以人才培养为第一要务，牢固确立教学中心地位，把提高教育教学质量作为永恒主题，注重学生创新精神与能力素质的培养，坚持“弘扬新安医学，培育中医人才”的办学特色，人才培养质量不断提高。学校现有2个国家级教学团队、8个省级教学团队，1门国家级精品课程、35门省级精品课程。有1个国家级精品资源共享课程，1个国家级实验实训示范中心，1个国家级专业综合改革试点项目。近5年来，先后获国家级、省级质量工程项目200余项，国家级教学成果奖1项、省级教学成果特等奖2项、一等奖2项。

学校注重办学特色的彰显，深入推进教学改革，举办新安医学教改实验班，在临床专业建立客观化结构考试中心。2010年开始与长春、福建2所中医药大学开展相互交流培养学生；设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2010—2015年学校共有学生200余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励80余项。学校曾被授予全国大中学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体。2010年以来，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。

学校大力推进科技强校战略，积极促进教学水平与人才培养质量的提高。近5年来，学校共承担各级各类项目1300余项，其中承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、星火计划重点项目、重大新药创制专项、国家自然科学基金和社会科学基金等国家级项目196项，科研经费2亿余元；取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励42项（其中国家科技进步二等奖1项,中华中医药学会科技奖一等奖1项）。现有10个省级科技创新团队，28个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。学校获中华中医药学会“推动中医药学术发展特别贡献奖”。

学校不断加强产学研用合作，服务地方经济社会建设能力不断增强。建校以来，我校培养了4万余名高素质的中医药人才，遍布安徽省及国内外医药领域。学校与黄山、亳州、绩溪、舒城等市县人民政府签订全面合作协议，与河南宛西、江苏康缘、深圳三九等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等30个产学研合作基地，服务地方经济社会发展的能力不断提升。积极为政府在出台有关中医药发展规划和相关政策提供决策咨询，学校在国家中药现代化科技产业（安徽）基地建设中做出了积极贡献。第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院，神经病学研究所附属医院是一所国内外有影响的以“肝豆状核变性诊治”为优势的专科医院，国医堂是一所为广大患者以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位，其都成为开展社会服务的重要力量。