皖南医学院地处素有“长江巨埠、皖之中坚”之称的历史名城——芜湖市，濒临浩瀚长江，汇集江南神秀。学校建于1958年，时为芜湖医学专科学校；1971年并入安徽医学院，为安徽医学院皖南分院；1974年经国务院批准独立建校，命名为皖南医学院；1981年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权；1998年一次性通过教育部本科教学工作合格评价；2008年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级。

设夜大学及成人教育学院各1所，并依托北京大学医学网络教育学院联合办学。现有临床（护理）学院10所、实践教学基地129所，其中直属附院2所、非直属附院6所。第一直属附院弋矶山医院建于1888年，由美国美以美基督教会创办，是安徽省第一所西医医院和全国首批三级甲等医院，开放床位2300余张，年门诊量168万人次，是皖南及皖江地区医疗、预防、康复、急救的中心。弋矶山医院是国内最早从事护理学教育的单位之一，1926年该院主办的“怀让高级护士学校”，曾在国内享有很高的声誉，学校正、副校长同时出任“中华看护学会”第八、第九届正、副会长。第二直属附院建于1949年，原为宣城地区人民医院，2012年经省政府批准整体划归我校。该院开放床位930张，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的三级乙等综合医院，具有一批有较高声誉的重点专科、特色专科。2015年3月，附属口腔医院获批立项建设，目前正在筹建之中。
在长期办学历程中，我校拥有一批诲人不倦的知名教授，他们当中有创建了我国首个神经病专科病房、撰写首部神经精神专著的刘贻德教授；有我国定量药理学创始人之一的孙瑞元教授；有潜心本草研究六十载，辑复了经典名著《新修唐本草》的尚志钧教授；有国医大师、全国七名内经专业导师之一的李济仁教授；有德技双馨、我校捐赠遗体第一人的汪桐教授。我校更有一大批爱岗敬业的优秀教师、劳动模范、学科带头人和骨干教师。正是一代代皖医人的薪火相传、无私奉献，奠定了学校事业的基础，成为学校最宝贵的办学资源。