药理、皮肤并卫生事业管理等65个盛校级研究所。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《疾病控制杂志》等15种。近5年来，学校共承担“863”、“973”计划、国家科技支撑计划和国家自然科学基金项目等121项。国家自然科学基金立项数近年来保持安徽百所省属高校领先地位。学校3次获得中华医学科技奖一等奖，获中华医学科技奖科普奖1项。在《新英格兰医学杂志》、《自然遗传学》等国际著名SCI刊物连续发表发现银屑并红斑狼疮和麻风病易感基因论文，在复杂疾病易感基因研究上居国内领先水平。
学校同德国、瑞典、美国、加拿大、日本、韩国以及台湾、香港地区的高等院校开展了密切的交流，双方互派专家学者、互派学生、相互交流信息资料、共同开展科研合作。目前学校与欧洲、美洲国家的主要合作项目有：欧盟第六次框架合作项目、中美艾十字项目、中加农村卫生服务利用检测和评价项目。学校选派中青年骨干教师和优秀学生赴瑞典卡罗林斯卡学院、德国乌尔姆大学和海德堡大学、加拿大大不列颠哥伦比亚大学等著名高校进修、攻读博士学位，同时也接收国外友好学校的学生来我校见习。