问：我公司2016年全年发放的合理工资总额为200万元，为职工支付补充养老保险12万元，补充医疗保险8万元。我公司将为职工支付的补充养老保险和补充医疗保险全额在税前作了扣除，这样处理正确吗?

答：企业所得税法实施条例第三十五条规定，企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。

《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》(财税〔2009〕27号)规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。

因此，你公司为本企业任职或受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，应分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，准予扣除，超过限额标准的应作纳税调整。具体来说，补充养老保险扣除限额=200×5%=10(万元)，实际发生了12万元，需要调增应纳税所得额=12-10=2(万元);补充医疗保险扣除限额=200×5%=10(万元)，实际发生了8万元，可以全额扣除。