复旦大学创建于1905年，原名复旦公学。“复旦”二字由创始人、中国近代知名教育家马相伯先生选定，选自《尚书大传?虞夏传》中“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。

复旦大学经历近百年的沿革。1917年复旦公学改名为私立复旦大学，下设文、理、商三科以及预科和中学部。1937年抗日战争爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为“国立”。1946年学校迁回上海江湾原址。到1949年学校已设立文、理、法、商、农五院20多个系（科）。鲁迅、郭沫若、邹韬奋、老舍、竺可桢、马寅初等著名学者曾到校演讲或任教。1950年高校初步进行院系调整，复旦大学的海洋系并入山东大学；上海暨南大学的文、法、商三院，同济大学的文、法两院，以及浙江大学、英士大学的部分系科并入复旦大学。1952年秋全国高校院系调整，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商专科学校、中国新闻专科学校等高等院校的文、理科有关系科并入复旦大学。二十世纪80年代以后，尤其是通过国家教育部和上海市共同建设，以及“七五”、“八五”和“九五”的重点建设，复旦大学逐步发展成为一所人文科学、社会科学、自然科学、技术科学以及管理科学在内的多科性研究型综合大学。2000年4月27日上海医科大学与复旦大学强强合并，成立新的复旦大学。如今的复旦大学，学科门类更为齐全，综合实力更加强大。
复旦历史上曾经拥有一大批学术大师和著名学者，在国内外享有盛誉。周谷城、陈望道、颜福庆、苏步青、谭其骧、周予同、陈建功、朱东润、胡曲园、严北溟、张世禄、伍蠡甫、卢鹤绂、谢希德等著名学者长期在校执教，为复旦奠定了雄厚的学术传统和基础。谈家桢、吴浩青、谷超豪、胡和生、王迅、陈中伟、杨雄里、杨福家、汤钊猷、顾玉东、李大潜、陈灏珠、沈自尹、闻玉梅、王威琪、陆谷孙、章培恒等一大批知名专家，仍活跃在国内外学术舞台上，成为复旦当代学术精神的代表。建校以来复旦大学共培养了18万余名各类毕业生，涌现出包括于右任、邵力子、陈寅恪、竺可桢、张志让、李岚清等校友在内的众多杰出人才，为国家的建设事业作出了卓越贡献。
复旦大学现任校长为王生洪教授，党委书记为秦绍德教授。
复旦大学校训：“博学而笃志，切问而近思”；校风：“文明、健康、团结、奋发”，学风：“刻苦、严谨、求实、创新”。
学校现有人文学院、外文学院、新闻学院、法学院、经济学院、管理学院、技术科学与工程学院、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、信息科学与工程学院、国际关系与公共事务学院、社会发展与公共政策学院、数学科学学院和软件学院等17个学院(含66个系)和物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系等4个系，68个学士学位专业，一级学科博士学位授权点22个，二级学科博士学位授权点135个(其中自设24个)，硕士学位授权点209个(其中自设38个)，并设有25个博士后科研流动站。
学校学科门类齐全，现有马克思主义哲学、外国哲学、政治经济学、世界经济、金融学、产业经济学、政治学理论、国际关系、中国古代文学、汉语言文字学、传播学、历史地理学、基础数学、应用数学、运筹学与控制论、理论物理、凝聚态物理、光学、物理化学、高分子化学与物理、生态学、神经生物学、遗传学、生理学、电路与系统、微电子学与固体电子学、人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学（心血管病、肾病、传染病）、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学（普外科、骨外科、泌尿外科、神经外科）、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、中西医结合基础、中西医结合临床、社会医学与卫生事业管理等40个国家重点学科，居全国第三位。
学校现有中国语言文学研究所、中国社会主义市场经济研究中心、美国问题研究中心、历史地理研究所、人口研究所、世界经济研究所、金融研究院、数学研究所、现代物理研究所、遗传学研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射医学研究所、肝癌研究所等81个研究机构，145个跨学科研究中心，有先进光子学材料与器件、专用集成电路与系统、应用表面物理、遗传工程、医学神经生物学等5个国家重点实验室。还有10个教育部重点实验室和7个卫生部重点实验室，8个教育部人文社会科学重点研究基地。
学校现有各类学生近44,300余人，其中博士生3,500人，硕士生7500余人，普通本专科生15700余人，外国留学生2,200余人，成人教育本专科生8400人，网络教育本专科生近7000人。
学校拥有一支高水平的师资队伍，现有专任教师与科研人员2,300余人，其中教授、副教授1,350余人，中国科学院、中国工程院院士29人，博士生导师746人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授40人、讲座教授14人，“973”首席科学家6人，“国家级有突出贡献中青年专家”31人。近几年来，学校积极引进人才，实施教育部“长江学者奖励计划”，涌现出一批优秀的中青年教师，优化了师资队伍结构。学校还拥有中山、华山等9个附属医院，集医疗服务、临床教学与科研工作于一体。医院医疗设备先进、技术力量雄厚，有900多人具有正、副高级职称，为临床教学创造了良好的教学条件。