南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。建校62年来，南京中医药大学为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，诞生了新中国中医药界最早的学部委员，为新中国中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。

学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有仙林和汉中门两个校区。现有各类在校生近2万名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院（江苏省中西医结合医院）、医学与生命科学学院、药学院、卫生经济管理学院、护理学院、外国语学院、国际教育学院、信息技术学院、心理学院、国际经方学院、整合医学学院、研究生院、继续教育学院、人文与政治教育学院等教学机构，有28个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。

学校现有国家一级重点学科1个，国家二级重点学科2个，国家重点（培育）学科2个；江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科2个、重点序列学科2个；国家中医药管理局中医药重点学科33个。临床医学、药理学与毒理学2个学科进入ESI全球排名前1%。学校是全国首批具有硕士学位、博士学位授权的单位之一。现拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士一级学位点，学位点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。

学校坚持以学生为中心，着力推进9年本博一贯制和“5+3”一体化中医拔尖人才培养模式改革，入选国家“卓越医生（中医）教育培养计划改革”首批试点高校。现有卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目3个，国家级特色专业建设点5个，国家级专业综合改革试点项目2个，国家级精品资源共享课程6门，国家级教学团队2个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级实验教学示范中心3个，国家级大学生校外实践教育基地1个，国家级规划教材（主编）33部，国家级教学成果4项。建设有南京中医药大学附属医院（江苏省中医院）、南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）、南京中医药大学附属南京八一医院（中国人民解放军第八一医院）等3家直属附属医院、25所非直属附属医院、4所中西医结合临床医学院和1所附属药业，各类教学及毕业实习基地逾百所。