学校创办于1956年9月，原名为“江苏省南通区、市商业职工学校”；1965年更名为“南通市商业学校”；1978年更名为“江苏省南通供销学校”，由江苏省供销合作总社主管；2003年升格为“江苏省南通商贸高等职业学校”，增挂“江苏联合职业技术学院南通商贸分院”校牌；2013年1月晋升为“江苏商贸职业学院”，隶属于江苏省供销合作总社。

学校占地面积502亩，规划总建筑面积32万平方米。现设有会计与金融、经济与贸易、电子商务与物流、艺术与电子信息、建筑工程与管理等5个二级学院和基础部、继续教育学院；开设的近30个高职专业，基本覆盖了江苏供销合作社及区域现代服务业主要产业和行业；建有物流、商贸、计算机、会计、金融、电子等实训中心，共90个实训室，教学设备总值约6000万元；现有专任教师340人，外籍教师7名，中高级职称占70%以上，“双师型”教师占70%以上；全日制在校学生近8000人。近几年，毕业生就业率一直保持在98%以上，建校以来先后为社会输送了6万多名合格毕业生。

学校办学近60年来，凝聚了“自加压力、开拓创新、团结拼搏、乐于奉献”的办学精神，确立了“环境、目标、能力”三位一体的治校方略，形成了“立足地方聚合地缘优势，依托系统彰显商贸特色”的办学理念。学校先后被授予首批全国物流职业教育人才培养基地、全国国际商务人才培养基地、江苏省首批职业教育技能教学研究基地、江苏省商务人才培训服务平台、南通市现代服务业公共实训基地、南通市服务外包人才培训基地，先后荣获全国供销合作社系统先进集体、江苏省供销合作社系统先进集体、江苏省供销合作社系统创新创优先进单位、江苏省职业教育与社会教育先进单位、江苏省职业院校技能大赛先进单位、江苏省德育工作先进单位、江苏省文明校园、江苏省平安校园等称号。