学院前身为南京海运学校和南京航运学校，始建于1951年，是新中国成立后建立的第一所培养远洋和内河船员的学校、中国首批履行STCW78/95公约并为国际海事组织认可的航海院校，也是江苏省最早将ISO9000质量管理标准引入党建和教育教学管理领域的高等院校之一。60多年来，培养出13万多名技术技能人才，遍布远洋运输、内河航运、船舶制造、港口工程、物流经贸、信息商务、人文旅游等海内外大中型企事业单位，为祖国航运事业做出重要贡献，堪称航运人才的摇篮。

学院有江宁、白下和板桥三个校区，校区占地总面积1632亩，建筑面积38.4万平方米，固定资产达10.4亿元，教学仪器设备总值1.76亿元。拥有用于实践教学的万吨级远洋船“育睿轮”。

学院设有航海技术学院、轮机工程学院、船舶与海洋工程学院、电气与自动化工程学院、经济管理学院、信息工程学院、人文艺术学院、继续教育学院和基础教学部、体育教学部、思想政治理论课教学研究部等11个教学单位，开设航海技术、轮机工程技术、船舶工程技术、船舶电气工程技术等44个专业，建有一批央财重点支持建设专业、央财重点支持建设实训基地以及省示范重点专业、省品牌（特色）专业、省重点专业群、省级实训基地和校企合作教改试点专业。全日制在校生近11000人，成人学历教育学生1800余人，年社会培训近15000人次。

学院拥有教职员工近700人，其中副高以上职称教师160多人。拥有省级教学名师、交通运输职业教育教学名师、全国交通职业教育专业带头人、江苏省“333”人才工程培养对象、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人和“青蓝工程”优秀骨干教师培养对象、，国家旅游局旅游业青年专家培养对象、南京市“321人才计划”等高层次人才近30人。双师素质教师占专任教师比例达90％；航海类教师持高级船员适任证书101人，其中远洋船长、轮机长28名，在全国同类院校中处于领先位置。