小南海水电站从筹划至今已有二十多年。

公开资料显示，该电站于1991年12月由四川省水电厅以川水发（1991）规876号文批复同意进行可行性研究工作；1993年5月四川省水电厅以川水发（1993）规610号批复可行性研究报告；1996年12月四川省水电厅以川水（1996）建管742号批复初步设计报告；1997年7月四川省计委以川计（1997）能源585号文批准列入当年度地方电力基本建设投资计划。工程于1997年12月开工，因建设资金未落实，工程于1998年停建。

2009年1月，《重庆市人民政府工作报告》提出将积极争取中央支持……突破小南海水电工程……等战略项目前期工作列为主要任务。2009年2月，国务院《关于推进重庆市统筹城乡改革和发展的若干意见》提出：稳步提高重庆能源结构中清洁能源、可再生能源和新能源的比重，积极开展重庆长江小南海水电站前期工作。

2012年3月16日，重庆市环境保护局就小南海水电站三通一平工程环评简本进行公示，公示期为10日；建设单位为中国长江三峡集团公司，环评单位为长江水资源保护科学研究所；该环评简本并未对长江上游珍稀鱼类的影响做出评价。
2012年3月29日，小南海水电站奠基暨三通一平工程在巴南区中坝岛开工。工程总投资约320亿元，总工期7年6个月，电站装机200万千瓦，多年平均年发电量102亿千瓦时，是重庆投资最大、装机规模最大、发电量最大的水电项目。

该项目引发争议的就是其对长江上游珍稀鱼类国家自然保护区的影响。对此，中科院院士、中科院水生生物所鱼类学家曹文宣曾公开表示，在长江上游干流能够为珍稀、特有鱼类提供适宜生存的江段，仅剩下国家级自然保护区这353.16km的一小段了，而重庆市长江小南海水利枢纽坝址，正位于长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区缓冲区与实验区的联结处附近，建成后将淹没缓冲区约70km的江段，占自然保护区干流段的1/5。在自然保护区内兴建显著改变水域生态的水利工程，是违法行为。

自2009年起，包括山水自然保护中心、自然之友在内的多家民间环保组织和专家学者多次明确表达了反对修建小南海水电站的立场。自然之友总干事张伯驹对21世纪经济报道记者介绍。

环保部在《批复》中指出，过去十年长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区，因为金沙江下游一期工程等进行过两次调整，已经使自然保护区功能受到较大影响，未来该流域的开发必须严格按照主体功能区定位，严守生态红线，切实严格保护长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区。
重庆小南海水电站2015，遭环保部否决：
搁置三年、争议不断的重庆小南海电站项目，近日遭到环保部的否决。这意味着这座位于川渝交界处的水力发电站，将不再被允许建设。

21世纪经济报道在4月8日获得了环保部的文件。这份于3月20日印发，名为《关于金沙江乌东德水电站环境影响报告书的批复》的文件中称：不得在向家坝水电站坝址至三峡水利枢纽库尾长江干流河段和支流岷江、赤水河河段等自然保护区范围内，再规划和建设小南海水电站、朱杨溪水电站、石硼水电站及其它任何拦河坝（闸）等涉水工程。

对于否决小南海电站的原因，环保部称，过去十年，长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区，因为金沙江下游一期工程等进行过两次调整，已经使自然保护区功能受到较大影响，未来必须严守生态红线。