牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生题写了校名。是黑龙江省东南部地区唯一一所省属全日制普通本科医药院校。1997年一次性通过原国家教委合格评估。2006年在国家本科教学水平评估中专家组给予了优秀的评价。2009年经国务院学位委员会批准为新增硕士学位立项建设单位。2013年通过硕士学位立项建设单位整体验收。

学院现有教职工2600人，具有副高级以上职称600多人。专任教师580多人，具有博士学历88人(其中留学归国博士7人)，硕士学历550人。有龙江学者特聘教授1人，省级教学名师1人，省级教学团队2个，博士生导师5人，硕士生导师72人，全省卫生系统有突出贡献中青年专家17人，牡丹江市优秀中青年专家8人。聘请美国著名医学专家葛仁山教授来校工作，聘任共享院士2人、长江学者1人、客座教授19人。

学院占地面积72.5万平方米，建筑面积31.7万平方米，图书馆藏书100多万册，中外文期刊2300多种，校园网络系统先进，拥有各类网上教学资源3000多部。教学科研仪器设备总值1.7亿元，固定资产总值6.5亿元。《牡丹江医学院学报》在全国公开发行。

学院有8所附属医院，总床位数6116张。其中直属附属医院2所，床位2000张。附属红旗医院是具有1200张床位的“全国百姓放心医院”、“全国示范医院”，是黑龙江省东南部地区具有明显优势的三级甲等医院。

学院面向全国25个省(市)、自治区招收本科生，现有全日制在校本、专科学生10114人。开设临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验学、护理学、康复治疗学、口腔医学、药学、制药工程、药物制剂、预防医学、信息管理与信息系统、公共事业管理、应用心理学、市场营销、医学影像技术、生物医学工程17个本科专业。其中口腔医学专业列为本科一表招生，医学影像学、临床医学、麻醉学、医学检验专业是省级重点专业，医学影像学专业是省级一类特色专业和国家级一类特色建设专业。人体解剖学、组织胚胎学、生物遗传学、病原生物学、影像设备学、诊断学是省级精品课程。

基础医学、生物学、药学3个一级学科及内科学、影像医学与核医学、外科学3个二级学科被评为省级重点学科，“抗纤维化生物治疗”实验室是黑龙江省重点实验室，“麻醉与危重病学”实验室是与哈尔滨医科大学协作的黑龙江省重点实验室，“组织损伤与修复”实验室、“肿瘤疾病防治”实验室是黑龙江省高校重点实验室。“生物化学与分子生物学实验室”、“生物学实验室”、“药学实验室”是中央与地方共建高校基础实验室。学院设有省级生物医药技术服务平台、校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地。学院还被列为全省特色应用型本科院校建设单位。