齐齐哈尔工程学院的前身，是成立于1958年的齐齐哈尔第一机床厂重型机床制造学院，文革前实施六年制（业余）本科和四年制(业余)专科教育，其间易名为齐齐哈尔第一机床厂“七·二一”工人大学、齐齐哈尔第一机床厂职工机电学院。

1993年，学校为支持国有企业公司化改造与企业签订经济分离合同，成为全国第一家国企学校与企业分离的典型,易名为黑龙江东亚大学。2001年，省政府批准在黑龙江东亚大学基础上成立齐齐哈尔职业学院，结束了齐齐哈尔市没有地方普通高校的历史。2011年4月，教育部批准齐齐哈尔职业学院升格更名为齐齐哈尔工程学院，学院属本科层次的普通高校，隶属齐齐哈尔市人民政府。

学院现有三个校区，全日制在校生逾万人，开设工学、管理学、文学、农学、法学5个学科门类的40多个专业，基本形成了以工学为主，管理学、文学、农学、法学为辅，以机械设计制造及自动化、汽车服务工程、土木工程等专业为特色，工、管、文、农、法等多学科协调发展的办学格局，下设机电工程系、交通工程系、信息工程系、建筑工程系、管理工程系、附属建华医院、附属三亚城市职业学院及附属高级技工学校、职业高中。

学院积极探索“政校企合作、产学研一体、教学做合一”办学模式，坚持“开一个专业，办一个实体，兴一份产业，创一个品牌”的专业建设原则，依托专业创办了齐三机床有限公司、汽车教学中心（汽车博览中心）、家政教学中心（百草家园老年公寓）、机电设备有限公司、二手车交易市场、汽车驾驶员培训学校等21个专业实体，覆盖了学院所开设的40多个专业。

学院所创的学校“委托管理”模式已写入《国家教育中长期发展纲要》的第42条和第67条中；学院教育改革实践已成为了国家教育行政学院的教学案例，院长曹勇安教授连续15年受聘国家教育行政学院。教师编著、出版了106本教材；获得省级以上优秀论文奖和优秀科技成果奖189次，在国家级、省级杂志上发表学术论文467篇，参与《<职教法>修订的实证研究》、《做强高等职业教育》等国家级重点课题研究，承担省级以上课题94项。