福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。

经过70多年的建设发展，学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。

学校现有上街、台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积37.9万平方米。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2008年9月，学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。

学校现有19个学院、部，即基础医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、人文学院、研究生学院、海外教育学院、成人教育学院、职业技术学院、继续教育学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、海峡学院、和体育教研部；23个本科专业（方向），即临床医学（本硕连读）、临床医学、临床医学（临床病理学专业方向）、临床医学（急救医学专业方向）、口腔医学、医学检验、麻醉学、医学影像学、临床医学(眼与视光学专业方向)、康复治疗学、预防医学、预防医学(检验检疫专业方向)、预防医学(妇幼保健专业方向)、护理学、药学、药学(临床药学专业方向)、药学(药物分析专业方向)、药物制剂、应用心理学、英语、社会工作、公共事业管理(卫生管理专业方向)、公共事业管理(医院管理专业方向)；博士学位授权点22个，硕士学位授权点59个、专业硕士学位授权点2个。目前，各类在校生20000多人，其中本科生10000多人，博士、硕士生近2000人，本科专业面向全国20个省、直辖市、自治区和港澳台地区招生。

学校现有教职医护员工5398人，其中校本部966人。在835名专任教师中，具有研究生学位占58%，高级职称占55.1%。博士生导师65名，硕士生导师482名。享受国务院特殊津贴专家100人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选5人，国家有突出贡献中青年专家4人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，福建省优秀专家17人，“福建省百千万人才工程”人选64人，福建省高校教学名师4人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选28人，福建省高校创新团队2个。