首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记李明教授，校长吕兆丰教授。

学校校本部设有10所学院和1所研究院，包括基础医学院、公共卫生学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、全科医学与继续教育学院、国际学院；北京脑重大疾病研究院。学校现有18所临床医学院暨附属医院，包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、北京三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）和中国康复研究中心（康复医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有10所教学医院和35个临床专科学院、专科学系。

学校学科力量雄厚。现有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科，32个国家临床重点专科，14个国家中医药管理局重点（培育）学科，4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，2个北京市一级重点建设学科，6个北京市二级重点建设学科，1个北京地区高等学校学科群。1个省部共建国家重点实验室，3个教育部重点实验室，1个教育部省部共建重点实验室，24个北京市重点实验室。有8个一级学科博士学位授权点和11个一级学科硕士学位授权点；按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和78个硕士学位授权点。有9个博士后科研流动站。